不会有影响。

飞机是一种飞翔在高空中的交通工具，而如果飞机飞过高风险地区，并不会对健康码造成影响，因为飞机是封闭的交通工具，即使出现在高风险地区的天空上也不会有感染的风险，所以并不会对乘客的健康码造成影响。

一般只要不是在高风险地区有过实实在在的停留的话，健康码并不会产生影响，而健康码也不会采集个人位置信息，所以像飞机飞过高风险地区这种情况是不会影响健康码颜色的，无需担心。