以采样时间为准。

进行三天两检核酸检测，一般建议以采样时间为准，因为患者在采样的时候就有可能会被感染，而从采样到检测之间还会有一段时间的间隔，因此一般都是按照采样的时间为准。

也就是说从第一次采样时间开始计算，72小时之内完成2次核酸检测，当然，每个地区的具体要求不一样，有一些地方会按照检测时间来进行计算，具体需要根据当地的防疫政策来决定。