1、冷藏保存

在常温放置下的金针菇很容易会氧化变色，滋生细菌，进而出现腐烂变质的情况，而冰箱中的低温环境可以延长金针菇保质期，吃不完的金针菇在未沾水的情形下，可以用保鲜膜笼罩，然后放入冰箱冷藏保留，可以防止金针菇变色糜烂。

2、真空保存

真空的环境可以避免细菌滋生，进而让金针菇的新鲜状态保持更久，就算是真空包装被拆开后，仍可以继续抽取掉空气，进行真空包装，并在真空袋口用细针扎几个小孔，坚持空气流通。

3、盐水保存

将金针菇的根部剪掉，然后将金针菇放入盐水中浸泡10分钟的时间，之后再拿出来擦干水分，用保鲜膜包好后继续存放，一般这样可存放1~2周的时间。